原医政医管局更名为医政司，医政司下设综合处、医疗资源处、医疗机构处、医疗管理处、医疗质量与评价处、护理与康复处。该司主要职责为拟订医疗机构及医务人员、医疗技术应用、医疗质量和医疗服务等行业管理政策规范、标准并监督实施，承担推进心理健康和精神卫生、护理、康复事业发展工作；拟订公立医院运行监管、绩效评价和考核制度等。
原卫生应急办公室（突发公共卫生事件应急指挥中心）更名为医疗应急司，医疗应急司下设综合处（行风处）、医疗应急管理处、医疗应急指导处、公共卫生医疗管理处、医疗卫生安全和血液管理处、医疗监督处。该司主要职责为组织协调传染病疫情应对工作，承担医疗卫生应急体系建设，组织指导各类突发公共事件的医疗救治和紧急医学救援工作；拟订医疗安全、医疗监督、采供血机构管理以及行风建设等行业管理政策、标准并组织实施；拟订重大疾病、慢性病防控管理政策规范并监督实施。
同时国家卫健委原机关党委更名为机关党委（党组巡视工作领导小组办公室），负责机关和在京直属单位党的建设和纪检工作，领导机关群团组织的工作，承担内部巡视工作。机关党委（党组巡视工作领导小组办公室）设立机关纪委，承担机关和在京直属单位纪检、党风廉政建设有关工作。
